HLA
                    ‐B Serine 116 Confers Protection Against Severe
                    COVID
                    ‐19 in a Cohort From Rio de Janeiro, Brazil

Maria Aparecida da Silva Pereira; Sâmila Natiane Ferreira; Cássia Cristina Alves Gonçalves; Mirella Carneiro dos Reis; Carolina da Paz Zampier; Isabela de Carvalho Leitão; Monique de Souza Almeida Lopes; Artur Duque Rossi; Sheila Coelho Soares‐Lima; Rafael Mello Galliez; Shana Priscila Coutinho Barroso; Orlando da Costa Ferreira Junior; Amilcar Tanuri; Terezinha Marta Pereira Pinto Castiñeiras; Átila Duque Rossi; Cynthia Chester Cardoso

doi:10.1111/tan.70479

journal article Open Access Nov 28, 2025

HLA ‐B Serine 116 Confers Protection Against Severe COVID ‐19 in a Cohort From Rio de Janeiro, Brazil

Maria Aparecida da Silva Pereira Sâmila Natiane Ferreira Cássia Cristina Alves Gonçalves Mirella Carneiro dos Reis Carolina da Paz Zampier Isabela de Carvalho Leitão Monique de Souza Almeida Lopes Artur Duque Rossi Sheila Coelho Soares‐Lima Rafael Mello Galliez

Shana Priscila Coutinho Barroso Orlando da Costa Ferreira Junior Amilcar Tanuri

Terezinha Marta Pereira Pinto Castiñeiras Átila Duque Rossi Cynthia Chester Cardoso

HLA Vol. 106 No. 6 · Wiley

View at Publisher Save 10.1111/tan.70479

Abstract

ABSTRACT

COVID‐19 is a respiratory disease caused by SARS‐CoV‐2, in which severe outcomes are primarily driven by an exacerbated immune response. The HLA region has been extensively investigated in COVID‐19 due to its central role in the immune response, although genetic associations vary across populations. Here, the association of HLA genetic variability with COVID‐19 severe respiratory outcomes was investigated in an admixed population from Rio de Janeiro, Brazil. Results of a comparative study between mild and severe COVID‐19 cases involving 306 individuals have suggested risk associations with severe COVID‐19 for the
HLA‐DPB1*13:01
allele (OR = 3.42, 95% CI = 1.05–11.16,
p
= 0.041) and the
HLA‐B*39
allele group (OR = 3.26, 95% CI = 1.16–9.13,
p
= 0.024), although statistical significance was lost after FDR adjustment for multiple comparisons (adjusted
p
> 0.05). Amino acid analyses showed that a serine at position 116 of HLA‐B conferred protection against severe COVID‐19 (OR = 0.4774, 95% CI = 0.28–0.81,
p
= 0.006, adjusted
p
= 0.031). In silico analysis using the NetMHCpan tool predicted that this residue, located in the HLA‐B peptide‐binding groove, has enhanced binding affinity to immunodominant SARS‐CoV‐2 epitopes, suggesting a functional mechanism underlying the observed protection. The association of single nucleotide variants at the HLA region was also investigated, and no statistically significant association was found. Results obtained in the present study underscore the importance of HLA in COVID‐19 severity, likely mediated by its influence on viral peptide presentation, and advance our understanding of the genetic underpinnings of severe disease in admixed populations.

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Metrics

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Citations

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References

Details

Published: Nov 28, 2025
Vol/Issue: 106(6)
License: View

Authors

M

Maria Aparecida da Silva Pereira

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

S

Sâmila Natiane Ferreira

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Laboratório de Biologia Molecular e Proteômica Do Sangue, Instituto de Química Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

C

Cássia Cristina Alves Gonçalves

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

M

Mirella Carneiro dos Reis

Clínica de Doenças Infecto Parasitárias Hospital Naval Marcílio Dias Rio de Janeiro Brazil; Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Biomédicas Hospital Naval Marcílio Dias Rio de Janeiro Brazil

C

Carolina da Paz Zampier

Laboratório de Epigenômica Em Oncologia, Divisão de Pesquisa Clínica e Desenvolvimento Tecnológico Instituto Nacional de Câncer Rio de Janeiro Brazil

I

Isabela de Carvalho Leitão

Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

M

Monique de Souza Almeida Lopes

Programa de Carcinogênese Molecular Instituto Nacional de Câncer Rio de Janeiro Brazil

A

Artur Duque Rossi

Laboratório de Modelagem e Dinâmica Molecular, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

S

Sheila Coelho Soares‐Lima

Laboratório de Epigenômica Em Oncologia, Divisão de Pesquisa Clínica e Desenvolvimento Tecnológico Instituto Nacional de Câncer Rio de Janeiro Brazil

R

Rafael Mello Galliez

Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

S

Shana Priscila Coutinho Barroso

Laboratório de Biologia Molecular, Instituto de Pesquisas Biomédicas Hospital Naval Marcílio Dias Rio de Janeiro Brazil

O

Orlando da Costa Ferreira Junior

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

A

Amilcar Tanuri

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

T

Terezinha Marta Pereira Pinto Castiñeiras

Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

�

Átila Duque Rossi

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

C

Cynthia Chester Cardoso

Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia Universidade Federal Do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil; Núcleo de Enfrentamento e Estudos de Doenças Infecciosas Emergentes e Reemergentes Universidade Federal do Rio de Janeiro Rio de Janeiro Brazil

Funding

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro Award: E‐26/210.468/2021

Cite This Article

Maria Aparecida da Silva Pereira, Sâmila Natiane Ferreira, Cássia Cristina Alves Gonçalves, et al. (2025). HLA ‐B Serine 116 Confers Protection Against Severe COVID ‐19 in a Cohort From Rio de Janeiro, Brazil. HLA, 106(6). https://doi.org/10.1111/tan.70479

HLA ‐B Serine 116 Confers Protection Against Severe COVID ‐19 in a Cohort From Rio de Janeiro, Brazil

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